Thuế GTGT hàng nhập khẩu: khấu trừ bằng chứng từ gì

22/10/2026 9 phút đọc

Nhập khẩu hàng hóa thì không có hóa đơn giá trị gia tăng của người bán — nhà cung cấp nước ngoài phát hành invoice thương mại, không phát hành hóa đơn điện tử Việt Nam. Thuế giá trị gia tăng đầu vào được khấu trừ dựa trên chứng từ nộp thuế giá trị gia tăng ở khâu nhập khẩu, đi kèm tờ khai hải quan. Đây là lý do tra cứu hóa đơn mua vào trên cổng thuế không bao giờ thấy lô hàng nhập khẩu.

Chứng từ thay hóa đơn
Kê khai vào kỳ nào
Ngưỡng 05 triệu vẫn áp cho hàng nhập khẩu
Khi nào không được khấu trừ
Chứng từ nộp thuế thay cho phía nước ngoài
Vì sao cổng thuế không hiện lô hàng nhập khẩu
Danh sách kiểm cho một lô nhập khẩu
Căn cứ
Xem thêm

Chứng từ thay hóa đơn#

Điều 25 Nghị định 181/2025/NĐ-CP quy định điều kiện về hóa đơn, chứng từ để khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào: cơ sở kinh doanh phải có hóa đơn giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ mua vào, hoặc chứng từ nộp thuế giá trị gia tăng ở khâu nhập khẩu, hoặc chứng từ nộp thuế giá trị gia tăng thay cho phía nước ngoài theo điểm a khoản 2 Điều 14 Luật Thuế giá trị gia tăng số 48/2024/QH15.

Ba loại chứng từ này ngang hàng nhau về giá trị pháp lý khi xét khấu trừ. Không có hóa đơn không có nghĩa là không khấu trừ được.

Bộ chứng từ đầy đủ cho một lô nhập khẩu:

Chứng từ	Vai trò
Hợp đồng ngoại thương	Cơ sở giao dịch
Invoice thương mại, packing list	Giá trị và chi tiết hàng
Tờ khai hải quan đã thông quan	Xác nhận hàng vào Việt Nam, số thuế phải nộp
Chứng từ nộp thuế GTGT khâu nhập khẩu	Căn cứ khấu trừ thuế đầu vào
Chứng từ nộp thuế nhập khẩu, thuế khác nếu có	Tính vào giá trị hàng
Vận đơn, chứng từ vận chuyển	Chứng minh hàng thực về
Chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt	Điều kiện khấu trừ

Dòng thứ tư là chứng từ quyết định, nhưng nó phải khớp với tờ khai hải quan ở dòng thứ ba: thiếu tờ khai đã thông quan thì khoản thuế đã nộp không có căn cứ để khấu trừ.

Kê khai vào kỳ nào#

Thuế giá trị gia tăng đầu vào phát sinh tháng hoặc quý nào thì kê khai khấu trừ ở tháng hoặc quý đó, theo điểm đ khoản 1 Điều 14 Luật Thuế giá trị gia tăng 48/2024/QH15 và khoản 6 Điều 23 Nghị định 181/2025/NĐ-CP.

Với hàng nhập khẩu, mốc để xác định kỳ là thời điểm nộp thuế ở khâu nhập khẩu, không phải ngày invoice của người bán nước ngoài và cũng không phải ngày hàng về kho. Ba mốc này thường lệch nhau vài tuần với hàng đi đường biển.

Nếu phát hiện sót chứng từ nộp thuế khâu nhập khẩu sau khi đã nộp tờ khai, xử lý như hóa đơn đầu vào bỏ sót: bổ sung thuế đầu vào chỉ làm giảm số phải nộp hoặc tăng số còn được khấu trừ chuyển kỳ sau, nên khai vào kỳ phát hiện, không lập tờ khai bổ sung kỳ gốc. Chi tiết: Hóa đơn bỏ sót: kê khai bổ sung vào kỳ nào.

Ngưỡng 05 triệu vẫn áp cho hàng nhập khẩu#

Điều 26 Nghị định 181/2025/NĐ-CP yêu cầu chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt với hàng hóa, dịch vụ mua vào từ 05 triệu đồng trở lên đã gồm thuế giá trị gia tăng, và điều này bao gồm cả hàng hóa nhập khẩu.

Thực tế hàng nhập khẩu gần như luôn thanh toán qua ngân hàng nên ít khi vướng. Chỗ hay vướng là chi phí đi kèm thanh toán tại chỗ: phí lưu kho, phí nâng hạ, phí vận chuyển nội địa từ cảng về kho, phí dịch vụ hải quan. Những khoản này nhỏ lẻ, hay trả tiền mặt, và cộng dồn trong ngày của cùng một nhà cung cấp rất dễ vượt 05 triệu. Xem Chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt.

Các khoản phí này có hóa đơn của đơn vị dịch vụ trong nước, khác với bản thân lô hàng. Nghĩa là một lô nhập khẩu tạo ra cả chứng từ nộp thuế khâu nhập khẩu lẫn vài hóa đơn dịch vụ — và chỉ nhóm thứ hai xuất hiện trên cổng thuế.

Với hóa đơn dịch vụ lập bằng ngoại tệ, bảng kê hóa đơn điện tử (loại thông thường, không phải máy tính tiền) tải từ cổng thuế có sẵn cột Đơn vị tiền tệ (cột P) và Tỷ giá (cột Q) ở cấp hóa đơn; bảng kê hóa đơn máy tính tiền không có hai cột này.

Khi nào không được khấu trừ#

Ba trường hợp thường gặp:

Hàng nhập khẩu phục vụ hoạt động không chịu thuế giá trị gia tăng — thuế đầu vào không được khấu trừ, tính vào chi phí hoặc nguyên giá tài sản theo điểm e khoản 1 Điều 14 Luật 48/2024/QH15
Hàng nhập khẩu không dùng cho sản xuất, kinh doanh — không đủ điều kiện về mục đích sử dụng. Riêng hàng viện trợ nhân đạo, viện trợ không hoàn lại không chịu thuế giá trị gia tăng ở khâu nhập khẩu (khoản 19 Điều 5 Luật 48/2024/QH15), nên không có thuế đầu vào để khấu trừ
Thiếu tờ khai hải quan hoặc chứng từ nộp thuế — không có căn cứ khấu trừ, dù thực tế đã nộp tiền

Trường hợp nhập khẩu hàng vừa dùng cho hoạt động chịu thuế vừa dùng cho hoạt động không chịu thuế thì phải phân bổ, và phải tính lại theo số cả năm vào cuối năm. Xem Phân bổ thuế GTGT đầu vào dùng chung.

Chứng từ nộp thuế thay cho phía nước ngoài#

Điều 25 còn nêu loại chứng từ thứ ba: chứng từ nộp thuế giá trị gia tăng thay cho phía nước ngoài, bao gồm cả chứng từ nộp thuế theo tỷ lệ phần trăm nhân với doanh thu.

Loại này áp dụng khi bạn mua dịch vụ của nhà cung cấp nước ngoài không hiện diện tại Việt Nam và phải khấu trừ nộp thay. Nó khác hàng hóa nhập khẩu ở chỗ không qua hải quan, không có tờ khai. Chi tiết nhóm này: Chi phí dịch vụ nước ngoài.

Vì sao cổng thuế không hiện lô hàng nhập khẩu#

Hệ thống hóa đơn điện tử chỉ chứa hóa đơn do người bán tại Việt Nam phát hành. Nhà cung cấp nước ngoài không đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử Việt Nam nên không có gì để hiện.

Điều này tạo ra một khoảng lệch có hệ thống khi đối chiếu cuối tháng với doanh nghiệp nhập khẩu: giá trị hàng mua trên sổ luôn lớn hơn tổng hóa đơn tra được trên cổng thuế, đúng bằng phần nhập khẩu. Lệch này là bình thường, không phải thiếu hóa đơn.

Cách xử lý khi đối chiếu là tách sổ thành hai nhóm ngay từ đầu — nhóm có hóa đơn trong nước và nhóm nhập khẩu — rồi chỉ đối chiếu nhóm đầu với danh sách cổng thuế. Quy trình: Đối chiếu hóa đơn mua vào với sổ kế toán.

Nhóm chi phí trong nước đi kèm lô hàng vẫn phải kiểm như bình thường, và đây mới là nhóm có rủi ro về nhà cung cấp. Với doanh nghiệp sản xuất dùng nguyên liệu nhập khẩu, hai nhóm này đan xen liên tục: Hóa đơn ngành sản xuất.

Danh sách kiểm cho một lô nhập khẩu#

[ ] Tờ khai hải quan đã thông quan, số liệu khớp invoice
[ ] Chứng từ nộp thuế giá trị gia tăng khâu nhập khẩu, lưu theo tờ khai
[ ] Đã kê khai khấu trừ đúng kỳ nộp thuế khâu nhập khẩu
[ ] Thanh toán cho người bán nước ngoài qua ngân hàng
[ ] Hóa đơn của các đơn vị dịch vụ trong nước đã nhận đủ
[ ] Chi phí đi kèm từ 05 triệu đồng trở lên đã thanh toán không dùng tiền mặt
[ ] Chi phí vận chuyển về tới kho đã tính vào giá trị hàng nhập kho

Với tài sản cố định nhập khẩu, chi phí vận chuyển và lắp đặt trước khi đưa vào sử dụng tính vào nguyên giá: Hóa đơn tài sản cố định.

Căn cứ#

Điều 25 Nghị định 181/2025/NĐ-CP — điều kiện về hóa đơn, chứng từ nộp thuế để khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào: có hóa đơn giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ mua vào, hoặc chứng từ nộp thuế giá trị gia tăng ở khâu nhập khẩu, hoặc chứng từ nộp thuế giá trị gia tăng thay cho phía nước ngoài theo điểm a khoản 2 Điều 14 Luật Thuế giá trị gia tăng 48/2024/QH15
Điều 26 Nghị định 181/2025/NĐ-CP — chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt với hàng hóa, dịch vụ mua vào (gồm cả hàng hóa nhập khẩu) từ 05 triệu đồng trở lên đã gồm thuế giá trị gia tăng
Điểm đ khoản 1 Điều 14 Luật Thuế giá trị gia tăng 48/2024/QH15 và khoản 6 Điều 23 Nghị định 181/2025/NĐ-CP — thuế giá trị gia tăng đầu vào phát sinh tháng, quý nào thì kê khai khấu trừ ở tháng, quý đó
Điểm e khoản 1 Điều 14 Luật Thuế giá trị gia tăng 48/2024/QH15 — thuế đầu vào không được khấu trừ thì tính vào chi phí được trừ khi tính thuế thu nhập doanh nghiệp hoặc nguyên giá tài sản cố định
Khoản 19 Điều 5 Luật Thuế giá trị gia tăng 48/2024/QH15 — hàng hóa nhập khẩu viện trợ nhân đạo, viện trợ không hoàn lại không chịu thuế

Quy định về thuế thay đổi thường xuyên — với quyết định có giá trị lớn, hãy đối chiếu lại văn bản đang hiệu lực tại thời điểm phát sinh.